Aegean Airlines, Griechenlands größte Fluggesellschaft, fliegt vom BER zweimal täglich nach Athen. Die Flugzeiten ab BER sind 11:30 Uhr und 20:40 Uhr. Die Ankunft am Flughafen in Athen erfolgt jeweils 2:45 Stunden später. Über den Flughafen in Athen sind viele beliebte griechische Urlaubsinseln, wie Mykonos, Santorini oder Samos, mit Aegean Arlines gut erreichbar. Zusätzlich fliegt die Airline dreimal pro Woche vom BER nach Thessaloniki (jeweils dienstags, donnerstags und sonntags).